Wolverine deve rimettere in sesto il team degli X-Men dopo la scomparsa di Jean Grey e del Professor Xavier, sfruttando le sue doti di leader.
Ad affiancare Wolverine ci sono Ciclope, Bestia, Tempesta, Kitty Pryde, Emma Frost, Nightcrawler, Angelo, Colosso, Uomo Ghiaccio, Rogue, Jubilee, Dazzler e Gambit.
Tra i nemici, invece, spiccano Magneto, il Fenomeno, Sabretooth, Mystica, Toad, Blob, Scarlet e Quicksilver. Tra le apparizioni speciali invece ci sono il Senatore Kelly, John Wraith e Hulk.
In seguito si scoprirà che il professor Xavier, caduto in coma, ha ripreso i sensi vent'anni nel futuro, in una realtà in cui le Sentinelle hanno preso il controllo del mondo a seguito della divisione degli X-Men e dello scoppio di una guerra fra mutanti e umani. Comunicando con Cerebro attraverso lo spazio-tempo Xavier riesce ad aiutare i suoi pupilli a fermare la guerra, ma un nuovo e terribile futuro ne prende il posto: l'era di Apocalisse.
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