La loro storia inizia milioni di anni fa, quando sulla Terra non si è ancora sviluppata la vita umana.
Su Cybertron, invece, infuria da tempo immemorabile una brutale guerra tecnologica tra le due fazioni,
che vede gli Autobots combattere per la propria sopravvivenza.
Dopo milioni di anni la guerra sta volgendo al termine in favore dei Decepticons, forti della loro
ferocia e della loro superiorità tecnologica e militare.
Gli Autobots vivono nascosti, limitandosi alla guerriglia, mentre ormai quasi tutto il pianeta
(ad eccezione di I.A.Con, quartier generale cybertroniano degli Autobots) è nelle mani dei Decepticons.
Con la guerra millenaria che ormai ha dissipato la maggior parte dell'energia vitale del pianeta,
gli Autobots, per sopravvivere, devono frequentemente rubare energia dalle basi Decepticons, i quali
la immagazzinano nella forma di barre o cubi di Energon, da sempre la principale fonte di sostentamento
per tutti gli organismi cybertroniani.
Con una situazione ormai insostenibile, gli Autobots non hanno altra scelta se non quella di lasciare
il pianeta alla ricerca di un altro mondo e di nuove risorse energetiche, dove ricominciare un'esistenza
pacifica, e con il sogno di poter riconquistare, un giorno, Cybertron.
Il primo episodio si apre con alcuni Autobots che si sono appena procurati una piccola scorta di Energon,
sopravvivendo all'ennesimo scontro con le forze Decepticons che pattugliano perennemente il pianeta
(Durante queste sequenze sono mostrate le trasformazioni in veicoli cybertroniani dei Transformers
protagonisti della serie).
Raggiunto il loro quartier generale ad I.A.Con sani e salvi, scopriamo che gli Autobots stanno approntando
gli ultimi preparativi per lasciare il pianeta, guidati dal loro capo Optimus Prime.
Tutto ciò non passa inosservato agli occhi delle spie Decepticons Soundwave e Laserbeak.
Informato il loro comandante supremo Megatron dei piani di Optimus, un gruppo di Decepticons selezionati,
guidati personalmente dallo stesso Megatron, si gettano all'inseguimento dell'astronave Autobot a bordo
del loro incrociatore (noto retroattivamente anche come Ark).
Non appena lasciata l'orbita di Cybertron, i Decepticons riescono a raggiungere la nave spaziale degli
Autobots mentre essi si trovano a fronteggiare un inaspettato sciame di asteroidi, ingaggiando un
combattimento tra le astronavi.
Ma alla fine, raggiunta la nave Autobots, i Decepticons riescono a penetrare all'interno dell'astronave
nemica tramite un condotto d'arrembaggio che ne perfora lo scafo.
Ormai faccia a faccia, tra i due equipaggi inizia una serrata lotta corpo a corpo.
Conscio della situazione disperata, Optimus decide di tentare il tutto per tutto con un sacrificio finale,
e preso il controllo del timone decide di far schiantare la sua nave con entrambi gli eserciti a bordo,
in modo da porre fine per sempre alla minaccia di Megatron.
Nel corso della disperata manovra l'astronave dei Decepticons, senza più controllo, si sgancia, finendo
alla deriva.
L'astronave Autobot invece, procede verso il suo destino, precipitando su un vicino pianeta primitivo
e schiantandosi alle pendici di un vulcano con un impatto devastante.
Questo pianeta è la nostra Terra di quattro milioni di anni fa.
I millenni passano, ed arriviamo al 1984.
Il vulcano si risveglia con una piccola eruzione che dà luogo a un terremoto.
Ma l'astronave è sopravvissuta all'impatto, ed i suoi occupanti sono sopravvissuti, anche se disattivati
e danneggiati in seguito alla collisione.
La scossa riattiva alcuni contatti di Teletraan 1, il potente computer dell'astronave Autobot che per
prima cosa invia una sonda ad esplorare il pianeta alieno.
Esso può così osservare la vita degli esseri umani del XX secolo, le loro macchine, i veicoli civili
e militari, dei quali ne scansiona le forme.
Acquisiti tali dati, Teletraan 1 provvede quindi a ricostruire i Transformers ad immagine dei meccanismi
terrestri in modo da mimetizzarli ed adattarli alla vita del pianeta.
L'impatto però non è stato senza conseguenze per il computer di bordo degli Autobots, rendendolo incapace
di distinguere i Decepticons dagli Autobots.
Infatti il primo robot che ricostruisce è Skywarp, uno dei jet Decepticon, il quale provvede a far
riparare tutti i suoi compagni caduti, in primis Megatron.
Una volta riattivati, i Decepticons lasciano l'astronave sepolta credendo gli Autobots disattivati per
sempre.
Tuttavia, il luogotenente di Megatron, Starscream, decide di salutare i nemici caduti con una raffica
di laser, causando una piccola frana.
Ciò fa inaspettatamente sobbalzare il corpo disattivato di Optimus Prime sotto il raggio riparatore di
Teletraan 1, il quale in breve farà lo stesso con tutti i suoi amici.
Da questo momento in poi i Transformers arrivati sulla terra si trasformeranno in mezzi e macchinari
tipici terrestri.
Nel corso di tutti gli episodi gli unici a mantenere la struttura iniziale sono i Transformers
che erano rimasti su Cybertron, come Shockwave (rimasto a guardia del quartier generale dei Decepticons)
Omega Supreme.
Sulla Terra si riproduce l'antica lotta tra le due fazioni.
I Decepticons sono avvantaggiati oltre che per la loro natura anche per il disinteresse che hanno ne
i confronti degli esseri umani (chiamati con disprezzo "creature di carne").
Essi, però, sono minati da rivalità interne e dal ridotto grado di intelligenza che di solito hanno (ad eccezione di Soundwave del loro capo Megatron). Gli Autobots si preoccupano, invece, di prestare aiuto agli esseri umani, dai quali ricevono talvolta appoggio.
Gli obiettivi della lotta ora sono capovolti.
I Decepticons cercano di trafugare energia dagli stabilimenti industriali degli esseri umani, per
immagazzinarla in cubi da spedire al loro pianeta originario tramite un ponte spaziale di teletrasporto.
Nel frattempo, infatti, la carenza di energia ha ridotto in cattive condizioni anche i Decepticons
rimasti su Cybertron.
L'obiettivo degli Autorobot è di impedire che ciò avvenga e, contrariamente a quanto avveniva prima su
Cybertron, ora quasi sempre raggiungono i loro scopi.
La seconda stagione quindi è molto simile alla precedente, in aggiunta solo personaggi più freschi e nuovi
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