Sei anni dopo il disastro su Isla Nublar, l'egocentrico paleontologo Richard Levine indaga su misteriosi ritrovamenti di carcasse di rettili, messe a tacere dalle autorità della Costa Rica. Tali indagini lo portano a conoscenza di Isla Nublar, l'isola dove sorgeva il parco dei dinosauri e anche del fatto che essa era in realtà soltanto un parco per turisti; i dinosauri venivano in realtà creati nella vicina Isla Sorna, il cosiddetto "Sito B" (ora abbandonato e fuori controllo) dove, dopo la distruzione del Jurassic Park, hanno continuato a vivere e proliferare all'insaputa di tutto il mondo. Impaziente d'investigare sul programma di clonazione della InGen, Levine giunge sull'isola e scompare. Venutolo a sapere l'eccentrico matematico Ian Malcolm, testimone oculare del disastro del Jurassic Park, nonché conoscente dello stesso Levine (che si era precedentemente rivolto a lui perché lo aiutasse nell'indagine), raggiunge l'isola accompagnato da Jack 'Doc' Thorne, il meccanico Eddie Carr e due indesiderati bambini, R.B. "Arby" Benton e Kelly Curtis, alunni di Levine. Malcom e gli altri ignorano però che anche gli antagonisti Lewis Dodgson e i suoi due colleghi Howard King e George Baselton stanno giungendo sull'isola assieme alla biologa Sarah Harding (fidanzata di Malcom), inconsapevole delle loro intenzioni di catturare esemplari di ogni specie per usarli come cavie da laboratorio.
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